El suelo de un biofiltro tiene que cumplir unos requerimientos muy estrictos. Debe proporcionar un buen drenaje con una corriente de aire húmedo. Además, el suelo tiene que ser capaz de soportar un relleno pesado y no debe deformarse, curvarse ni hundirse. La empresa inglesa Hahn Plastic Ltd. ha desarrollado Hanit®, un nuevo equipo compuesto por unas rejillas de plástico con patas hechas de materiales reciclados, capaz de soportar el relleno del biofiltro incluso en condiciones extremas.
La opción tradicional a la hora de diseñar el suelo de un biofiltro es usar rejillas de hormigón prefabricado. Este método es muy práctico para suelos de biofiltros. Las estructuras prefabricadas de hormigón son duraderas en condiciones normales y se pueden desmontar fácilmente cuando es necesario. Este tipo de suelo es resistente y muy duradero, por lo que se utiliza en la mayoría de los biofiltros.
Sin embargo, las rejillas de hormigón prefabricado tienen la desventaja de sus costes por manipulación y transporte. Además, este tipo de suelo tiene algunos problemas cuando el flujo de aire tiene una concentración elevada de H2S. En estos casos, el hormigón se corroe y se debe cambiar el suelo, a veces incluso pocos años después.